La trama comienza 14 años después del dia E, después de la activacion del martillo del alba en Sera. Marcus Fenix, El soldado de la CGO, se reintegra en el ejército después de haber pasado cuatro años en prisión por abandonar su puesto militar con el fin de hacer un vano intento por salvar a su padre, Adam Fenix. Dominic Santiago lo saca de la prisión, y lo lleva con el Escuadrón Delta. El pelotón trata de obtener el "resonador", un dispositivo que haría mapas de los túneles de locust para luego implementar la bomba de masa ligera, que destruirá el corazón de las fuerzas de los locust. El pelotón delta recupera el dispositivo, pero sufren múltiples bajas en el proceso. En medio del caos, Fénix lleva a los soldados restantes a través de las ruinas del planeta Sera, a una instalación minera, y finalmente a las profundidades del planeta. El escuadrón Delta logra detonar el resonador, pero sólo para descubrir poco después que el dispositivo no logra su objetivo.
